本发明提供一种自然灾害后电网故障多级协同排查方法，根据自然灾害的监测信息和区域故障停电信息，对电网故障进行分类，得到灾害故障区域和波及停电区域；针对灾害故障区域实施灾害故障区域故障多级协同排查方法，依据电网监测终端上送的故障信息、节点历史故障的聚类结果信息，评判故障排查优先级，按照节点自下而上的排查流程逐级排查和合闸处理，以恢复供电；针对波及停电区域实施波及停电区域故障多级协同排查方法，优先进行转供电的方式，按照节点自上而下的排查流程逐级排查和合闸处理，以恢复供电。本发明方法对停电区域进行分类的方式进行差别化协同排查，从而在减少二次故障的前提下，提升故障排查的效率、减少事故后故障停电事件。