本发明提供了一种高亲水性纳米纤维涂层基纳滤膜及其制备方法。该高亲水性纳米纤维涂层基纳滤膜由高亲水性纳米纤维涂层基膜及负载于高亲水性纳米纤维涂层基膜表面的纳滤分离层复合而成。制备方法为：先将乙烯-乙烯醇共聚物纳米纤维分散液在无纺布基层进行湿法涂层制成纳米纤维涂层基膜；然后再经过碱处理和等离子体处理，进行基膜的功能改性，得到高亲水性涂层基膜；最后通过界面聚合，得到高亲水性纳米纤维涂层基纳滤膜。本发明制得的复合纳滤膜结构致密，具有高亲水性，能够实现通量及截留率的协同提升，还具备优异的过滤效果。本发明的制备方法能够对界面聚合过程进行优化，且制备过程简单可控、绿色无污染、成本低廉，极具工业应用前景。