本发明涉及一种刺参养殖用益生菌组合物及其应用，属于微生物制剂技术领域，所述组合物包括副干酪乳杆菌CSDN-6、植物乳杆菌CLY-5和贝莱斯芽孢杆菌DY-6，3株菌以菌体数量比1:1:1混合，其中副干酪乳杆菌CSDN-6保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏号为CGMCC No.19756。本发明组合物对刺参重要疾病“腐皮综合征”中的2种致病菌灿烂弧菌(V.splendidus)及假交替单胞菌(P.nigrifaciens)具有拮抗作用，能够有效的预防疾病的发生。本发明的益生菌能够提高刺参的非特异性免疫力，增强刺参的抵抗力，有效预防疾病发生。