本发明公开了一种确定水火电分频控制AGC系统的滤波因子的方法及系统，设置电网处于非分频调节模式，根据稳态调频结果确定火电机组调频滤波因子备选值，根据扰动调频结果确定水电机组调频滤波因子备选值；设置电网处于分频调节模式，根据当前的火电机组调频滤波因子备选值和水电机组调频滤波因子备选值设置AGC系统的滤波因子，进行仿真测试，获取分频调节模式下AGC系统对电网的二次调频结果，并根据二次调频结果确定水火电分频控制AGC系统的滤波因子最优值。本发明通过仿真手段准确高效地确定AGC系统的滤波因子，降低参数配置对以往电网以往运行经验依赖性，能够快速给出最优解，充分发挥调频机组的最佳调频性能，降低了试运行期间的试错成本。