本发明公开了一种多品种物料混合包装生产线和控制方法，属于食品包装领域。包括控制单元、运输单元、投料单元、回收单元和包装单元；所述控制单元包括控制器；所述运输单元包括前段柔性链输送单元、后段提升单元和翻碗机构，所述前段柔性链输送单元、后段提升单元和翻碗机构沿生产线物料流动方向依次设置；所述翻碗机构包括夹紧组件、翻碗组件和碗料分离组件；所述碗料分离组件包括碗出口和料出口，所述碗出口与回收单元的入口相对接，所述料出口与包装单元的入口相对接；所述回收单元的出口与前段柔性链输送单元的入口相对接。本发明通过独立料碗来输送物料，可以随时对料碗进行处理，处理过程中不用停线，可以提高生产效率。