本发明公开了一种沉底型球红冬孢酵母微生物制剂、制备方法及其应用。该微生物制剂包括以下质量百分比计的组分：20～30％球红冬孢酵母ZDFY1801发酵膏泥、15～20％葡萄糖、10～15％NaHCO3、10～15％沸石粉、19～44.5％麸皮粉和0.5～1.0％海藻糖。本发明提供的沉底型球红冬孢酵母微生物制剂含有球红冬孢酵母ZDFY1801发酵膏泥，该球红冬孢酵母ZDFY1801具有高效降解养殖水体氨氮、澄清养殖水体、抑制养殖池弧菌病原增殖、促进养殖动物生长等多重功效，可应用于水产养殖，使用时，只需将压片成形的球红冬孢酵母制剂用手抛至养殖池需要的位置，制剂可自动快速沉降到池底，并逐渐释放发挥功效。