本发明属于废弃物处理技术领域，公开了一种厌氧发酵工艺钝化生物有效态重金属控制系统及方法，所述控制方法包括：按比例称取原材料，并进行相应处理、混合均匀；利用压力检测装置确定发酵罐的密封状态；同时利用温度传感器实时监测发酵罐的温度，并判断发酵罐的温度是否达到预设温度；进行厌氧发酵；利用沼气收集设备进行沼气收集；同时利用在线监测设备进行实时监测和数据采集，当气体监测装置检测无气体产生时，结束发酵。本发明通过厌氧发酵起到重金属钝化作用，使重金属存在形态发生转变，降低重金属的生物有效态含量；通过设定发酵的温度，强化厌氧发酵过程中重金属钝化工艺，对畜禽粪便资源化利用的快速发展具有重要的推动作用。