本发明公开一种促进清洁能源消纳的辅助服务市场交易方法及系统，包括：确定在双边交易式的备用市场中，备用责任的承担方的机组及其承担的备用责任信息；接收各市场主体的双边交易请求，根据备用责任的承担方的机组及其承担的备用责任信息，以及各市场主体的双边交易请求，以市场主体之间的备用责任为交易对象，进行双边交易计算；在双边交易达成后，将备用责任对应的调用任务分配到对应市场主体的各个机组，完成辅助服务市场交易。促使电力市场资源的优化配置，提高交易效率；扩大交易区间，实现交易各方利益的优化，能起到促使市场资源的优化配置和整合的作用，有利于清洁能源的消纳。