本发明属于农药技术领域，本发明公开了一种含苯菌酮和氟酰胺的杀菌组合物及其应用，该杀菌组合物将药物活性成分氟酰胺和苯菌酮，以特定比例进行复配，具有很好的协同增效作用，其中氟酰胺和苯菌酮的质量比优选为1‑8:1，更优选为1‑5:1。本发明所述的杀菌组合物扩大了杀菌谱，提高了药物持效期，延缓了抗药性产生，在防治粮食作物、蔬菜、果树中的白粉病、白绢病、黑痣病等病害有很好的效果，有利于环境的可持续发展。并且，本发明实施例该组合物制备过程环保，无安全和污染问题出现。