本发明涉及一种基于卷积自编码器的船舶AIS轨迹聚类方法和装置。本发明的基于卷积自编码器的船舶AIS轨迹聚类方法包括：获取船舶的连续轨迹，将连续轨迹划分为若干子轨迹；对若干子轨迹进行特征工程提取，得到子轨迹特征矩阵；将子轨迹特征矩阵输入多特征融合自编码器，获得位置特征向量、速度特征向量和航向特征向量；对位置特征向量、速度特征向量和航向特征向量进行拼接操作，获得船舶轨迹的潜在特征向量；对提取后的船舶轨迹特征向量进行轨迹聚类操作，得到船舶轨迹聚类结果。本发明的方法不需要根据相关数据量和轨迹类型，计算复杂度，噪声和其他影响因素来选择时空轨迹度量方法，不需要相似度距离公式，从而节省了计算时间和资源。