本发明涉及一种基于多数据融合的地质-地球物理三维建模方法，包括：S1、针对预先获取的工作区的航空地球物理数据和预先获取的工作区的地面地球物理数据进行融合处理，获取融合数据；S2、基于所述融合数据、预先获取的工作区的地质地球物理数据以及预先获取的工作区的物性组合特征-岩性识别标准数据，进行2.5维多数据联合反演获取拟三维地质-地球物理初始模型；S3、根据所述拟三维地质-地球物理初始模型，进行3维反演，获取三维地质-地球物理模型。其有益效果是，由于采用多维度、多元数据，相对于现有技术而言，其可以将这些数据进行有效的整合，建立三维地质模型，达到了使建立的三维地质模型的精度更高。