本发明公开了一种柔性直流阀组同步暂时性闭锁的控制系统及其方法，该方法包括：第一阀组的阀组控制根据极控提供的第二阀组的运行状态和所述第一阀组的运行状态，向对应的第一阀控发送使能信号；若所述第一阀控根据桥臂电流判断触发所述第一阀组暂时性闭锁，则向第二阀控发送暂时性闭锁信号；所述第二阀组根据自身接收到的使能信号和暂时性闭锁信号进行与运算；并根据与运算结果判断是否执行同步暂时性闭锁；若所述与运算结果为是，则执行；若所述与运算结果为否，则不执行。本发明通过增加阀控主机间的通讯连接，以实现阀控间相互传送暂时性闭锁信号，达到高端阀组和低端阀组同步暂时性闭锁。