本发明公开了一种马铃薯脱毒种薯繁育体系的构建方法，属于马铃薯种薯繁育技术领域。通过马铃薯脱毒基础苗的筛选与培养、强化脱毒基础苗的筛选与培养、脱毒基础苗的选定、脱毒苗的培养、脱毒苗切段繁殖、水培苗生产扩繁、移栽前炼苗、马铃薯脱毒原原种生产、原种生产、良种生产、原种二高山或高山繁育等步骤，利用各级种薯周期生产过程需种量及生产种薯量数据构建马铃薯脱毒种薯三级繁供体系模型，根据实际生产需求，适时调控关键步骤，获取各级种薯生产所需的对应上一级供种量。