一种基于定向碳纳米管的水重构系统及方法，该系统包括第一容器、第二容器、过流段、变径段和辐射部，所述第一容器、第二容器通过变径段连接至过流段的上、下两端，所述辐射部用于向过流段中的流体提供磁场和电磁波辐射，其特征在于，所述过流段内设置有过流机构、以及位于过流机构外部的引流件，所述过流机构的侧壁上设置有过流件，待处理水体能够通过所述过流件流进/流出过流机构，所述过流件的表面设置有碳纳米管薄膜；所述引流件用于将过流段中的水体引导至过流件。本发明通过在过流机构上铺设碳纳米管薄膜并合理利用过流机构的内部空间，大幅地提高了水分子的转化效率，缩短大体积水的制备工艺近一半的工时，显著提高生产效率。