本发明涉及一种多模式海缆埋深探测方法及测量系统，该测量系统包括测量船、上位机、水密拖体和水密电缆，上位机设置于测量船上，水密拖体内部设有第一三轴磁通门和第二三轴磁通门、高度计、姿态仪和下位机；该方法包括：通过电流源向海缆输入交流电或直流电；采用水密电缆将水密拖体与测量船上的上位机进行连接；测量船通过水密电缆拖曳水密拖体对海域进行扫测；第一三轴磁通门和第二三轴磁通门分别采集磁场三分量，高度计采集第一三轴磁通门与海床的距离、姿态仪采集欧拉角，数据通过水密电缆传输给上位机；上位机根据向海缆输入的电流类型及采集到的数据计算海缆埋深。本发明测量形式多样，对海缆通交流电和直流电都可测量海缆埋深，操作简单。