本发明公开了一种用于应对电流互感器断线的站域保护方法及系统。本发明的站域保护方法包括：在正常运行期间，利用单间隔设备的各侧电流互感器构建单间隔差动保护；一旦判断出某电流互感器出现了断线故障，则根据KCL定理，利用断线电流互感器的相邻间隔电流互感器以构建扩展范围的应急差动保护；在应急差动保护动作期间，首先跳开位于断线电流互感器侧的断路器，将扩展范围的应急差动保护区域重新分解为两个单间隔差动保护范围，进而根据两个单间隔差动保护的动作情况，有选择性的跳开故障元件。在电流互感器断线后，本发明能够继续实现故障的准确判断，并实现故障间隔设备的有选择性切除。