本发明公开了一种利用GPS信号驯服晶振频率的方法、系统及介质，本发明包括：根据GPS秒信号、晶振信号的误差特性建立频差数学模型；对频差信号进行常规扩展卡尔曼滤波处理消除随机误差和晶振频率非线性漂移引起的误差、得到受跳变野值和系统噪声影响较大的滤波模型；引入差分进化算法对常规扩展卡尔曼滤波处理中的过程噪声进行动态调整以减少其对于频差信号滤波结果的影响；整合新息序列加权到完成过程噪声动态调整后的扩展卡尔曼滤波处理中以减少跳变野值对滤波结果的影响。本发明能够对GPS信号中的跳变野值和随机误差、晶振信号中累积误差和非线性频率漂移进行滤波处理，能够提高GPS锁定二级频标的最终校频精度。