本发明涉及涉及食用菌工厂化技术领域，具体为一种菇房用移动式自动气流扰动装置及其控制方法，包括：移动装置、可容移动装置移动的运行导轨、与移动装置固定的出风装置，所述的运行导轨两端分别设有行程开关，所述的出风装置包括上下设置的出风管、控制系统、接近出风管上端的上温度传感器、接近出风管下端的下温度传感器、模块化传感器、与出风管连通的扰动风机，所述的出风装置还包括设于菇房内的横向扰动风机，所述的控制系统控制扰动风机的转速，并控制横向扰动风机启停。本发明结构合理，可自行移动，可即时测量上下温差及湿度、CO2浓度分布情况，提供适当的气流传送方案。