本发明涉及一种水下机器人自动烘干系统，包括加热层、交流层、干燥层、隔板和防水螺丝；交流层、加热层、干燥层之间依次密封相连且内部相连通，构成水下机器人密封舱一侧的长筒状密封盖板，由舱外到舱内的顺序为干燥层、加热层和交流层；在交流层内安装螺旋桨和直流电机，螺旋桨与直流电机相连，直流电机连接至上位机，通过上位机控制螺旋桨正反转将空气吸入或排出；在加热层内安装电加热器，用于加热经过加热层的空气；在干燥层内设置有干燥剂，干燥层远离加热层的一端连接隔板，隔板周围设置有防水密封圈，隔板中央设有螺丝孔，螺丝孔内安装防水螺丝。本发明可以起到保持水下机器人电子舱、电池舱内干燥、防渗、除雾的作用。