本发明提供了一种发动机双燃料供给系统的控制方法及系统，涉及车辆发动机领域。本发明先在发动机处于汽油燃料工作模式之外的其他工作模式时获取发动机的工作参数，以计算得到不同时刻汽油燃料所处的环境温度；然后根据不同时刻汽油燃料所处的环境温度计算得出汽油胶化影响值；最后根据汽油胶化影响值控制发动机选择甲醇燃料工作模式或汽油燃料工作模式。本发明对汽油燃料胶化影响最大的环境温度与时间等两个因素加以分析，形成综合考虑环境温度与时间的汽油胶化影响值，基于汽油胶化影响值的大小来确定采用甲醇喷射燃烧还是采用汽油喷射燃烧，能够达到减少或消除发动机汽油胶化，提高发动机的动力性和经济性的目的。