本发明涉及一种基于渗透率过渡岩心的非均相调驱剂评价系统及方法，其特征在于，包括非均相调驱剂供给装置、六通阀、控制阀、数据采集处理装置、渗透率过渡岩心以及量筒；渗透率过渡岩心包括相连的过渡段岩心和目标段岩心，且过渡段岩心的另一端作为渗透率过渡岩心的注入端与控制阀相连，目标段岩心的另一端作为渗透率过渡岩心的采出端与量筒相连；非均相调驱剂的输出端经六通阀和控制阀相连；数据采集处理装置设置在六通阀以及渗透率过渡岩心上，用于对相应位置处的压力数据进行采集和处理。本发明可以降低或避免非均相调驱剂注入过程中的端面堵塞的现象，可以获得更符合实际情况的非均相调驱剂与储层渗透率的最佳匹配关系。