本发明公开了一种多端直流输电系统的100Hz保护控制方法，包括：采集每一换流站的换流变阀侧三相电压；当任一换流站的任一相电压低于预设电压门槛值时，将所述换流站作为目标换流站，并发出目标换流站的交流低电压信号。当接收到所述交流低电压信号，且所述目标换流站的1段保护满足动作条件时，发出目标换流站告警信号。当接收到所述目标换流站告警信号，且任一换流站的2段保护满足动作条件时，发出目标换流站闭锁信号，并执行目标换流站闭锁策略。本发明还公开了相应的控制装置，实施本发明，能有效识别多端直流输电系统中发生交流侧非对称故障的换流站，执行相应的换流站闭锁策略，有效提高了电力系统的安全稳定运行。