本发明涉及一种基于坐标变换的阻抗计算方法和系统，包括：根据虚拟同步发电机受扰动后在初始dq坐标系下的参量确定虚拟同步发电机受扰动后的等效dq坐标系与所述初始dq坐标系的偏差角小信号矩阵；利用所述偏差角小信号矩阵确定等效dq坐标系下虚拟同步发电机的主电路小信号模型中的占空比扰动矩阵；将所述等效dq坐标系下虚拟同步发电机的主电路小信号模型中的占空比扰动矩阵转换为初始dq坐标系下虚拟同步发电机的主电路小信号模型中的占空比扰动矩阵；利用所述初始dq坐标系下虚拟同步发电机的主电路小信号模型中的占空比扰动矩阵确定虚拟同步发电机受扰动后的输出阻抗矩阵。本发明提出的阻抗计算方法精准的计算了受扰动后的弱电网线路的阻抗。