本发明涉及一种基于水凝胶的HCR和阳离子交换反应的荧光分析方法，通过硅烷化反应在基片表面修饰C-C双键，利用紫外光引发的自由基聚合反应借助光掩膜在基片上构建PEG水凝胶阵列。目标分子打开修饰在水凝胶上的捕获探针的发卡结构，引发生物素化发卡H1、H2间的杂交链反应，在传感位点形成长串双链DNA。通过生物素-链霉亲和素特异结合反应，将生物素化的量子点CdS固定到传感位点。通过Ag+引发CdS发生阳离子交换反应，Cd2+使得Rhod-5N的荧光极大增强。利用基因芯片扫描仪对阵列点荧光进行定量，从而实现目标分子的高灵敏高特异性分析。本发明方法操作简单、成本低、灵敏度高、特异性好、普适性高。