本发明公开了一种深水气田井筒水合物防治方法，包括：步骤一：获取井筒泥线以下地层温度曲线以及井口处流体压力；步骤二：根据所述地层温度曲线、所述流体压力以及相应气体或气体混合物的水合物相态曲线确定水合物稳定区下限深度；步骤三：根据所述水合物稳定区下限深度以及油管尺寸计算所需的氮气量；步骤四：向井筒中注入氮气，所述氮气的体积或重量为步骤三中计算所得的氮气量。将氮气注入天然气输送体系内，使氮气在水合物形成风险区替代、置换天然气，或与天然气混合降低天然气的分压，从而降低水合物的形成温度，或提高水合物的形成压力，消除流动体系和流动通道内部分区域水合物的形成风险，从而保证在关井和重启过程中井筒的通畅性。