本发明提供一种衬底及其加工方法以及发光二极管及其制造方法。本发明的方法中，沿多条扫描线对衬底进行激光扫描，在衬底内部形成多个改性点，该改性点可以是气泡或空洞；然后对衬底进行退火处理。激光辐照产生的气泡或空洞能够增加对光的反射，由此提高衬底的反射率；退火工艺消除或者降低了空洞或气泡周围由于激光辐照产生的热损伤层和微裂纹等缺陷，由此消除或者降低了这些缺陷对光的吸收，降低了衬底对光的吸收。在上述提高衬底的反射率降低衬底对光的吸收两方面的综合作用下，显著提高LED芯片的出光率，提高LED芯片的亮度。本发明的用于半导体器件的衬底以及发光二极管均可采用上述方法对衬底进行处理，因此同样具有上述有益效果。