本发明公开了水电高占比多直流外送系统多级调频协调控制方法及系统，本发明的方法包括步骤S1，当检测到电网扰动事故发生时，计算第i条直流FC的理论动作量 i＝1,…,n，n为启用FC功能的直流条数，并基于计算得到的理论动作量得到第i条直流FC的实际动作量 步骤S2，基于n条直流FC的实际动作量计算分中心控制区的不平衡功率；步骤S3，将不平衡功率按照不同的发电机类型分配给对应的发电机组。本发明通过在AGC控制中引入直流FC的调节量，可避免因直流FC复归导致的频率恢复慢的问题。