本发明涉及植物育苗设备技术领域，公开了一种相互遮挡穴盘苗补苗装置，包括机架、第一苗盘输送机构、第二苗盘输送机构、遮挡苗气力分离机构和移植机构。第一苗盘输送机构用于输送带有空穴需要补苗的穴盘苗；第二苗盘输送机构用于输送用于补苗的长势符合要求的穴盘苗；遮挡苗气力分离机构可通过气力将遮挡在空穴上方的枝叶分离，移植机构用于将第二苗盘输送机构中输送的穴盘苗移植到第一苗盘输送机构中输送的空穴中。其有益效果在于：移植机构自身也带有气力分离穴盘苗枝叶的功能，与遮挡苗气力分离机构配合使用，可自动完成相互遮挡穴盘苗补苗工作，作业效率高且不损伤种苗。