本发明提供了一种治疗大肠黑变病的中药组合物及其制备方法。该中药组合物是由包含以下重量份数的原料药制得的：柏子仁10～30份，生白术30～70份，生白芍30～50份，桑白皮10～30份，肉苁蓉20～30份，白茯苓20～40份，白僵蚕10～20份，白芨10～20份，白花蛇舌草20～30份，白芷10～15份白蔹10～15份，红花6～15份，当归15～30份，枳实10～20份，炙甘草5～10份。实验结果表明，本发明的中药组合物不仅安全性好，而且对大肠黑变病具有优异的治疗效果，总有效率高达100％。本发明的中药组合物能够用来制备治疗和/或预防肠道疾病(特别是大肠黑变病)的药物，应用前景良好。