本发明公开了一种协议反向工程中字段边界推理优化方法，属于计算机领域。本发明在进行字段合并时，首先计算每一个字段的输入位置，对每一个字段包括的所有字符串信息进行了综合考虑，从而克服了传统的VE算法不能利用全局信息，对短字段识别能力差的缺点，提高了对工业协议字段逆向的准确性。在合并字段时通过计算各个字段边界熵，并不通过序列比对，可以对文本协议的边界和二进制协议的边界都有较好的效果，泛化能力强，克服了传统的算法只对单一类型的协议边界识别度高，但通用性不强的缺陷。