本发明提出一种含串补的双回线路反时限零序电流保护整定方法，包括：S1.确定待整定含串补的反时限零序电流保护双回线路；S2.判断反时限零序电流保护是否误动，若是，执行步骤S3；否则，按常规反时限零序电流保护逐级整定方法，执行步骤S4；S3.判断反时限零序电流保护误动是否为串补所在侧反时限零序电流上下级保护误动，若是，确定串补所在侧反时限零序电流上下级保护配合的整定校验点；否则，反时限零序电流保护误动发生在串补对侧，整定上级保护启动电流；S4.整定双回线路上的下级保护时间常数；S5.整定双回线路上的上级保护时间常数；S6.输出整定结果。本发明解决了含串补的双回线路保护误动的问题，确保保护动作的选择性要求。