本发明公开了一种断路器本体三相不一致的保护系统及其实现方法，其中，所述系统包括：设置在断路器本体的三个相机构箱和智能控制模块；其中，每个相机构箱内均设置有一个就地采集模块，就地采集模块与智能控制模块通过光纤进行连接；就地采集模块用于对断路器的位置信号信息进行采集及处理并发送至所述智能控制模块；对智能控制模块发送的GOOSE命令进行解析，对出口继电器进行出口跳闸处理；智能控制模块用于接收位置信号信息，生成用于控制出口继电器调整的GOOSE命令，将GOOSE命令发送至所述就地采集模块。在本发明实施例中，可以有效的避免因继电器及回路异常导致的误动情况，可大大提升断路器本体三相不一致保护的可靠性。