本发明公开了一种具有防治烟草土传病害功能的生物有机肥，它包括功能菌种发酵液和生物有机肥，所述功能菌种发酵液的添加比例为总重量份数的0.1％～0.3％；所述功能菌种发酵液由贝莱斯芽孢杆菌和解淀粉芽孢杆菌发酵液组成，所述贝莱斯芽孢杆菌和解淀粉芽孢杆菌发酵液的体积比为：0.5～1.5:0.5～1.5；本发明的一种具有防治烟草土传病害功能的生物有机肥及其制备方法，在施用基肥的同时对烟草土传病害进行防控，有效替代化学农药的使用，减少环境污染，提高作物安全性。