本申请属于棉花育种技术领域，具体涉及一种利用外源自交不亲和性的棉花育种方法的专利申请。本发明利用外源的虞美人自交不亲和性基因对PrsS/PrpS，结合基因工程技术将其导入了棉花，证明在棉花中导入虞美人自交不亲和系统，可以实现棉花自交不亲和表型，表明自交不亲和性可以在棉花中成功实现（以转基因株系Gh-PrsS为父本，Gh-PrpS为母本，不能正常产生棉铃，可实现棉花的自交不亲和性，也即，可以实现棉花由自交亲和向自交不亲和的转变）。利用该方法可以成功创制不同的棉花自交不亲和新材料，从而大幅节约人工成本，提高制种的纯度和效率，而且可以突破材料的基因型限制，实现高效制种的强优势杂交棉培育。