本发明公开了一种小电流接地选线装置CT极性自校正方法及系统，包括如下步骤：获取单相接地故障状态下的各支路零序电流暂稳态信息；根据各支路零序电流暂稳态信息确定疑似故障线路；对所述疑似故障线路执行跳闸操作；根据所述跳闸操作结果对疑似故障线路的CT极性进行校正；获取跳闸操作后疑似故障线路的零序电流暂态数据；判断疑似故障线路以外各支路零序电流稳态值是否大于有效测量门槛值，若大于则根据所述疑似故障线路的零序电流暂态数据计算得到疑似故障线路以外各支路与疑似故障线路的方向系数；根据所述方向系数对疑似故障线路以外各支路的CT极性进行校正。本发明基于采用零序CT采集各支路零序电流的方式实现CT极性自校正，方便操作。