本公开提出了一种多电平换流器的运行控制方法及控制系统，采集多电平换流器处于稳定工作状态时电容运行过程中的温度与电压以及IGBT运行过程中单位时间内结温波动次数、结温波动平均值、最大值、幅值；基于所采集的电容及IGBT的运行数据获得电容故障率及IGBT故障率；根据电容故障率、IGBT的故障率，计算多电平换流器子模块的故障率；基于多电平换流器子模块的故障率确定该多电平换流器在未来一段时间的最优维修周期；基于该最优维修周期下发控制指令控制多电平换流器的工作或停机运行状态。