本发明提出一种安全智能薄膜卡的多通道通信系统，包括应用程序，调用SDK接口模块传输指令数据，访问安全智能薄膜卡；以及调用SDK接口模块接收安全智能薄膜卡返回的指令处理信息；SDK接口模块，根据终端设备信息和预置通道管理策略打开一种系统逻辑通道，并通过所述系统逻辑通道实现应用程序和安全智能薄膜卡之间的数据传输；安全智能薄膜卡，用于接收指令数据并进行处理和/或通过7816接口将指令数据转发给SIM卡进行处理；以及将指令处理信息返回至SDK接口模块和/或接收SIM卡返回的指令处理信息并返回至SDK接口模块；本发明还提出一种安全智能薄膜卡的多通道通信方法。