本发明提供了一种面向空间信息网络的密钥更新方法和系统，应用于通信卫星，包括：基于更新之前的种子密钥，生成目标会话密钥；获取目标加密参数；目标加密参数为通信卫星对应的地面控制中心利用目标会话密钥，对种子密钥同步参数进行加密之后所得到加密参数；利用目标会话密钥对目标加密参数进行解密，得到种子密钥同步参数；基于种子密钥同步参数，在预设种子密钥矩阵中确定更新之后的种子密钥；预设种子密钥矩阵为以预设种子密钥为矩阵元所构成的矩阵，其中，一个矩阵元对应一个预设种子密钥。本发明缓解了现有技术中存在的密钥的分发方式复杂的技术问题。