本发明涉及一种无导眼水平井煤层精细构造建模的方法和系统，包括：S1根据随钻测井数据、煤层顶底板岩性组合关系，确定无导眼水平井钻头的进煤点和出煤点；S2根据进煤点、出煤点和水平井的井轨迹，结合煤层厚度平面图，计算出水平井的水平段上各测点处的煤层厚度；S3截取水平井钻遇煤层的有效水平段，并根据水平段上各测点处的煤层厚度确定有效水平段上各测点在煤层中的位置，根据各测点在煤层中的位置，计算各测点处的煤层顶底面构造海拔；S4连接各测点处的煤层顶底面构造海拔，形成煤层顶底面曲线，平滑曲线，并编制煤层顶底面构造图及三维构造体图。其基于无导眼水平井的井钻数据，建立了一种精度较高模型，较好的反应煤层实际情况。