本发明涉及一种复合离子源及其使用方法和含有该复合离子源的质谱仪。该复合离子源包括外壳、电离室、样品引入管、电子产生装置、磁场产生装置、单光子产生装置、推斥极、离子透镜组件及加热组件。该复合离子源将电子轰击源和单光子电离源整合在一个结构中，在样品检测时，可以根据样品的类型进行选择，选用电子轰击源或者单光子电离源，也可以在不清楚样品组成的情况下采用单光子电离源模式进行定性检测分析，并采用电子轰击源进行定量分析。该复合离子源较之传统的复合离子源，结构简单，易于安装和维护，有利于商品化和长期稳定使用。