本发明提供了一种分子筛催化剂及其制备方法及用途。所述分子筛催化剂包括：分子筛载体，其平均粒径为50‑500nm，所述分子筛载体具有BEA结构；以及活性成分，所述活性成分为金属和/或金属氧化物，所述活性成分的平均粒径为0.5‑4nm；其中以所述活性成分的总质量计，至少95％以上的所述活性成分位于所述分子筛载体的内部。本发明的分子筛催化剂利用BEA结构分子筛所具有的规整孔道和笼结构，有效提高了分子传质扩散速率，从而提高了催化反应的反应速率，提高了催化反应的反应活性；且其多活性位和金属颗粒高度有序分散的特性使其成为催化裂化、催化氧化、异构化等方面性能优良的催化材料。