本发明提供一种车钩自动控制系统，主风管组件包括：主风管；主风管连接器，主风管连接器具有前端和后端，后端与主风管相连通；电气车钩控制组件包括：电气车钩；第一气缸，电气车钩与第一气缸相互传动连接，第一气缸具有第一腔室和第二腔室；第一切换阀与主风管相连通，第一切换阀与第一腔室或第二腔室相连通，第一切换阀具有第一控制端；第二切换阀与主风管相连通，第二切换阀与第一控制端或外部相连通，第二切换阀具有第二控制端，第二控制端与前端相连通。本发明提供的车钩自动控制系统，使得切换阀始终处于可控状态，在待连挂状态时，电气车钩始终处于收回状态，提高了车钩自动控制系统的可靠性。本发明还提供一种轨道列车。