本发明涉及基坑支护桩施工的技术领域，公开了旋挖钻机切除支护桩内半侵入预应力锚索的方法，包括以下步骤：S1、施工准备；在基坑支护桩施工前，预先查明锚索的分布位置、埋深以及其侵入基坑支护桩孔的长度；S2、旋挖钻进；使用大扭矩旋挖钻机对基坑支护桩钻进，在钻进至接近锚索时，采用优质泥浆修复孔壁，防止孔壁发生塌孔；S3、灌注混凝土固定锚索；采用水下混凝土灌注，在支护桩孔内灌注混凝土，使锚索有效进入混凝土内，将锚索固定；S4、当达到钻进条件后，采用截齿筒钻切割钻进，且采用取芯钻进，直接将切断的锚索连同混凝土一同取出；S5、进行基坑支护桩后续施工，并使用优质泥浆护壁，防止锚索侵入段出现塌孔。