本发明适用于水下桩施工技术领域，提供了一种水下桩壁测流仪器安装结构，包括固定机构和定位安装机构，所述固定机构固定在水下桩上，所述固定机构上设有定位安装机构，所述定位安装机构包括壳体，壳体的两侧位置处设有多个用于安装测流仪的安装腔，壳体对应每个安装腔的开口处均通过压紧盖和压紧螺栓密封，压紧盖和壳体与测流仪之间通过异形密封件密封，本发明的有益效果是：通过设置的异形密封件，可以与安装腔边缘位置卡合，配合被挤压的延伸部，以实现对安装腔的高效密封，防止水的侵入，侧裙的侧面位置可以与测流仪紧贴，对测流仪的发射端位置进行再次的密封，以保证测流仪的发射端的工况稳定。