本申请提供了一种晶圆缺陷的检测方法、检测系统和计算机可读存储介质。该方法包括：晶圆缺陷的检测系统接收光刻机台生成的检测数据，检测数据包括晶圆的缺陷信息，晶圆缺陷的检测系统将检测数据转换为预定格式，预定格式为晶圆缺陷的检测系统的数据的标准格式。由于该检测数据包括缺陷信息，因此，无需其他扫描仪器再专门获取缺陷信息而传输至晶圆缺陷的检测系统，该晶圆缺陷的检测系统后续利用该预定格式的检测数据就可以进一步检测缺陷的情况。该方法中，将光刻机台的检测数据传输至晶圆缺陷的检测系统中进行进一步应用，进而解决了现有技术中难以对光刻机台的检测数据进行充分利用而导致的数据资源浪费的技术问题。