本发明公开一种主子站协调的可控负荷分层控制方法及系统，包括：S1、获取当前周期全省电网数据，计算主站可控负荷调节需求；获取当前周期主站下各子站辖区的电网数据，计算子站功率调节需求；S2、判断步骤S1计算所得主站可控负荷调节需求是否进行可控负荷调节；如果主站进行，转向步骤S3；否则转向步骤S1进行下一周期分析计算；S3、主站可控负荷调节需求在子站之间进行优化配置；S4、对子站调节需求和主站调节需求进行协调选择；S5、判断子站是否需行可控负荷调节；如果调节，对子站进行可控负荷调节分配；否则转向步骤S1。本发明充分发挥可控负荷的调节潜力，提高可控负荷资源利用率，提高电网运行的可靠性和经济性。