本发明涉及空调技术领域，具体提供了一种空调器和新风机的协同工作系统及其协同控制方法，旨在解决给用户提供自主选择是否启动新风机及启动何种运行模式的同时，如何避免因用户误操作导致室内环境严重污染情况下新风机仍处于闲置状态的问题。该协同控制方法在基于场景自动确定新风机的运行模式前，增设判断是否收到用户针对新风机的操作指令的步骤，并且当用户操作指令为不运行新风机时，再根据室内空气质量的污染程度来决定是否强制启动新风机并基于场景自动确定新风机的运行模式，这样既给用户提供了自主选择的机会，并且在室内环境严重污染情况下自动强制启动新风机，解决了误操作造成新风机闲置的问题，在一定程度上提高了两者协同控制的智能化水平。