本发明公开了一种批次号在线印刷创口贴包装系统及使用方法，在现有系统的下纸输送机构中设置在线印刷装置，下纸从下纸收卷轮拉出后，穿过在线印刷装置进行印刷，随后经过换向辊和下纸加热机构进入包装生产线；在线印刷装置包括两块相互平行的侧板，侧板内表面上部连接有两条过纸辊，过纸辊下方的侧板内表面轴承连接有承印辊，承印辊下方的侧板内表面设置有印刷版辊，印刷版辊外表面连接有印刷条；印刷版辊下方的侧板内表面连接有上墨系统。该系统解决了现有技术需要采用喷码设备对包装纸外表面进行喷印，成本较高，效率较低的问题，具有可随包装机生产线在线运作、成本大幅降低，且不影响包装作业速度、效率较高的特点。