本发明提供了一种细菌计数装置，包括：采样组件，包括三维运动机械臂及采样针，上述三维运动机械臂用于带动上述采样针从试剂板中吸取待计数细菌样品，上述采样针用于将吸取到的上述待计数细菌样品加入到计数池组件中；泵通过液路线与上述采样针连接，用于混匀上述采样针吸取到的上述待计数细菌样品，其中，当上述泵以第一方式工作时，推动上述液路线中的液体流向上述采样针，当上述泵以第二方式工作时，将上述采样针中的液体吸入到上述液路线。吸样前与吸样后两次混匀，保证待测样本充分混合，保证检测过程中细菌个数的统计更加精确，混匀操作在设备内部，一是不用其他辅助混匀设备，而是降低污染率。