本发明提供了一种细菌计数装置，包括：采样组件，包括三维运动机械臂及多个采样针，上述三维运动机械臂用于带动上述多个采样针同时吸取第一批待测样本，上述多个采样针用于将吸取到的上述第一批待测样本分别加入到多个计数池中对应的计数池中；计数池组，包括上述多个计数池，上述计数池用于在获取到上述第一批待测样本的情况下对上述第一批待测样本进行细菌计数。3维运动机械臂能最快的将采样头运送到指定位置，节省了到达目标位置的时间；成本低廉，本设计采用2个采样针结构，较能变距的结构或者4个采样针或者更多采样针的成本低。